Gesundheitlich problematisch wird Palmöl durch die industrielle Verarbeitung. So gehen beim Raffinationsprozess durch die große Hitze von 200 Grad Celsius nicht nur wertvolle Inhaltsstoffe verloren, sondern es können auch großen Mengen an Fettschadstoffen entstehen. Hierzu zählen Glycidyl-, 3-Monochlorpropandiol-Fettsäureester (3-MCPD) sowie 2-Monochlorpropandiol-Fettsäureester (2-MCPD). Bei der Verdauung kann das als krebserregend geltende Glycidol aus den Glycidol-Fettsäureestern abgespalten werden. 3-MCPD gilt als möglicherweise nierenschädigend und krebserregend, 2-MCPD als eventuell nieren- und herztoxisch.