Radikale Lebensverlängerung » Retrotransposon

Witzig, dass du die Retrotransposonen heute ansprichts.

Gestern habe ich mir gedanken über sie gemacht.
Soviel ich weiß, werden Retrotransposonen ja mit Methylgruppen stillgelegt. Im Alter kommt es zu genomweiter Hypomethylierung und sie werden aktiv. Kann es nun sein, dass Stffe die Methylgruppen von CpG-Inseln entfernen gleichzeitig auch in anderen Bereichen wie bei den Transposonen die Methylgruppen entfernen?

Hab dazu auf die schnelle nicht gefunden, weißt du dazu mehr?

Wenn dem so wäre, dann könnte z.B zwar Tee Gene, die im Alter deaktiviert wurden wieder aktivieren und verhindern, dass Gene überhaupt deaktiviert werden, aber um den Preis einer geringeren Genomstabilität...

Vielleicht, lässt sich ja SIRT-6 ja durch demethylierung wieder aktivieren bzw. Ein abschalten vermeiden...

Transposase war Dezember 2006 Protein of the Month :),
nette Site als Ganzes:
http://www.ebi.ac.uk/interpro/potm/2006_12/Page1.htm

Wie sich "springende Gene" berechenbarer machen lassen könnten
Wiener Forscher sequenzieren DNA von ganzen Populationen

Zitat

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Nachweisen kann man Transposons, indem man das Erbgut der Organismen sequenziert. Weil das einzeln bei tausenden Menschen und sogar Fruchtfliegen zu teuer und aufwendig ist, hat Christian Schlötterer von der Veterinärmedizinischen Universität (Vetmed) Wien eine Methode entwickelt, um die gesammelte DNA von ganzen Populationen sozusagen in einem zu sequenzieren, und das Ganze hinterher wieder aufzudröseln. Der Bioinformatiker Robert Kofler am Institut für Populationsgenetik der Vetmed Wien hat ein Programm entwickelt, das die Häufigkeit einzelner Transposons in einer Population nun unverzerrt ausspuckt, was bisher nicht gut funktionierte. Damit könne man zum Beispiel untersuchen, ob sich ihre Aktivität in verschiedenen Klimazonen unterscheidet. Die neue Software sei aber auch für die Krebsforschung und bei neurologischen Veränderungen im Gehirn interessant, denn auch dort könnten die springenden Gene eine Rolle spielen.

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http://derstandard.at/2000044492505/Wie-...lassen-koennten




PoPoolationTE2: Comparative Population Genomics of Transposable Elements Using Pool-Seq
The evolutionary dynamics of transposable elements (TEs) are still poorly understood. One reason is that TE abundance needs to be studied at the population level, but sequencing individuals on a population scale is still too expensive to characterize TE abundance in multiple populations. Although sequencing pools of individuals dramatically reduces sequencing costs, a comparison of TE abundance between pooled samples has been difficult, if not impossible, due to various biases. Here, we introduce a novel bioinformatic tool, PoPoolationTE2, which is specifically tailored for the comparison of TE abundance among pooled population samples or different tissues. Using computer simulations, we demonstrate that PoPoolationTE2 not only faithfully recovers TE insertion frequencies and positions but, by homogenizing the power to identify TEs across samples, it provides an unbiased comparison of TE abundance between pooled population samples. We anticipate that PoPoolationTE2 will greatly facilitate the analysis of TE insertion patterns in a broad range of applications.

http://mbe.oxfordjournals.org/content/ea...2/molbev.msw137

Wie unsere Keimzellen springende Gene einbremsen
Wiener Forscher fanden zwei Stoffe mit den Spitznamen "Zucchini" und "Nibbler"

Zitat

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Wenn solche Gene ungestört herumhüpfen, entstehen Mutationen, die hie und da für die Evolution einer Art positiv, meist jedoch schädlich sind. Vor allem in Keimzellen sorgen sie zuweilen für Unfruchtbarkeit. Die Keimzellen haben daher spezielle RNA-Stückchen, sogenannte piRNAs, die an die potenziell schädlichen Erbgut-Bewohner andocken und sie dadurch lahmlegen. Wie diese Abwehrwaffen fabriziert werden, war bisher unklar. "Zwar war bekannt, welcher Mechanismus das eine Ende definiert, aber bei der Herstellung von piRNAs müssen ja beide Enden exakt zugeschnitten werden", so die Wiener Forscher. Sie haben herausgefunden, dass diese Waffen von zwei unterschiedlichen Systemen an unterschiedlichen Orten gefertigt werden. In ihrer in "Nature" veröffentlichten Studie berichten die Forscher, dass es zwei Wege gibt, um einsatzfähige piRNAs herzustellen. In den Mitochondrien, den sogenannten Kraftwerken der Zellen, gibt es einen Eiweißstoff namens "Zucchini", der die Springer hemmt. Im Zellplasma wiederum erledigt dies ein anderer Stoff, der ebenfalls einen klingenden Namen trägt: "Nibbler".

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http://derstandard.at/2000047680674/Wie-...Gene-einbremsen

Zitat von La_Croix im Beitrag #2

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Witzig, dass du die Retrotransposonen heute ansprichts.

Gestern habe ich mir gedanken über sie gemacht.
Soviel ich weiß, werden Retrotransposonen ja mit Methylgruppen stillgelegt. Im Alter kommt es zu genomweiter Hypomethylierung und sie werden aktiv. Kann es nun sein, dass Stffe die Methylgruppen von CpG-Inseln entfernen gleichzeitig auch in anderen Bereichen wie bei den Transposonen die Methylgruppen entfernen?

Hab dazu auf die schnelle nicht gefunden, weißt du dazu mehr?

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Zitat

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Eine aktuelle Übersichtsarbeit, auf die ich leider keinen Zugriff habe:

Contribution of Retrotransposable Elements to Aging
http://link.springer.com/chapter/10.1007...-319-48344-3_13

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Bitte sehr!

Wie piRNAs über springende Gene wachen
Wiener Forscher entschlüsseln Mechanismus im Erbgut
http://derstandard.at/2000063047349/Genwaechter-bpiRNAs




heterochromatin-dependent transcription machinery drives piRNA expression
Nuclear small RNA pathways safeguard genome integrity by establishing transcription-repressing heterochromatin at transposable elements. This inevitably also targets the transposon-rich source loci of the small RNAs themselves. How small RNA source loci are efficiently transcribed while transposon promoters are potently silenced is not understood. Here we show that, in Drosophila, transcription of PIWI-interacting RNA (piRNA) clusters—small RNA source loci in animal gonads—is enforced through RNA polymerase II pre-initiation complex formation within repressive heterochromatin. This is accomplished through Moonshiner, a paralogue of a basal transcription factor IIA (TFIIA) subunit, which is recruited to piRNA clusters via the heterochromatin protein-1 variant Rhino. Moonshiner triggers transcription initiation within piRNA clusters by recruiting the TATA-box binding protein (TBP)-related factor TRF2, an animal TFIID core variant. Thus, transcription of heterochromatic small RNA source loci relies on direct recruitment of the core transcriptional machinery to DNA via histone marks rather than sequence motifs, a concept that we argue is a recurring theme in evolution.
https://www.nature.com/articles/nature23...-O2nUo3EgBNU%3D

Ob es wohl beim Menschen eine gleich oder ähnlich funktionierende Regulation der Transposonen gibt?

Verständnisfrage:

Woher kommt die Reverse Transkriptase, die erst im Alter auftritt?

a.) Sie war schon immer im Genom

b.) Sie wird erst durch virale Infektionen (HSV, HPV, EBV...) im Laufe des Lebens erzeugt.


Im Falle der Antwort a.) wäre die Frage, warum sie erst im Alter aktiviert wird. Wieso nicht bereits im jungen Menschen? Was unterdrückt die RT in jungen Jahren?

Zitat von Prometheus im Beitrag #20

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Warum das erst im Alter passiert? Ein Grund sind die Hypomethylierungen die weite Teile der nicht codierenden DNA im Alter betreffen. dadurch werden die Retrotransposonen quasi "freigelegt":

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Zitat von Prometheus im Beitrag #6

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In der jungen Zelle bzw in der Keimbahn wird die Aktivierung der RT durch das Piwi-piRNA-System verhindert!

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Ok, hab was gefunden:

Zitat

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Diese piRNAs werden ausschließlich in den spermatogenetischen Zellen der Hoden hergestellt

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Das steht hier: https://de.wikipedia.org/wiki/PIWI-Proteine

In anderen Geweben - keine Chance!

Somit kann man es vergessen! Es bleibt wohl nur der gentechnische Eingriff(CRISPR), um die Retrotransposons dauerhaft stillzulegen. Oder eben immer SIRT6 aktivieren, um indirekt die Reverse Transkriptase teilweise stillzulegen, aber ob das den riesen Effekt bringt???

Die Retrotransposon-Alterungstheorie erklärt schon ziemlich schlüssig, warum viele Methoden bislang nicht den durchschlagenden Erfolg brachten. Nur bietet sie frustrierenderweise keine Lösung an, abgesehen von der SIRT6-Aktvierung, was die meisten bereits sowieso unbewusst machen:

Cyanidin, the life-extender in blueberries

Heidelbeeren (und anderes cyanidinhaltiges) nehmen die meisten, sei es als Pulver oder die Früchte. Das aktiviert SIRT6 sehr stark.

Wären Heidelbeeren alleine die Lösung, hätten bereits die Steinzeitmenschen ultralang gelebt. Die haben sicher tonnenweise Heidelbeeren gegessen. SIRT6 kann also nicht die alleinige Lösung sein. (Heidelbeeren und co. sind trotzdem sehr empfehlenswert!)

SIRT6 represses LINE1 retrotransposons by ribosylating KAP1 but this repression fails with stress and age.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25247314

Toll, dass es eben im Alter nicht mehr funktioniert, die Alterung zu unterdrücken. Ironie des Schicksals?


Retrotransposon ist wie ein versteckter Killer, der auf den letzten Metern des Marathons Lebensverlängerung - kurz vor dem Ziel - den Läufern auflauert und sie von hinten erledigt.


Es ist frustrierend, so ein Rückschlag!